Hallo Martin,

: In allen Schnitten gibt es immer diese dunkelbraune Zone, gehört das zum Pilz oder
: ist das schon Substrat?
: von nahem sieht das so aus

Das ist das Ektale Excipulum, die äußerste Schicht des Pilzes also. Dass die aus runden bis etwas eckigen braunen (besser: braun berindeten) Zellen besteht, ist das Merkmal der Familie Dermateaceae. Im Fachjargon heißt das eine braune textura globulosa bis textura angularis .

: Die lichtbrechenden Vakuolen in den Paraphysen.. sind das die hier?

Ja, wobei die schon etwas eingeschrumpft ist. Ein Zeichen dass die Paraphyse langsam an Vitalität verliert.

: Die Sporen in den Asci scheinen mir noch teilweise nebeneinanderzuliegen

zweireihig liegende Sporen sind ein Zeichen für lebende Asci. Im toten Ascus liegen sie einreihig, siehe dein zweites Bild.

: und auch schon dort septiert zu sein (siehe links zwischen 50 und 60):

hmmm, das kann auch bei lange lagernden Aufsammlungen im Ascus kommen. Durchaus möglich, dass einzelne Sporen im Ascus überreif werden und dadurch eine Septe bekommen. Es gilt nur dann als "im Ascus septiert", wenn das alle reifen Sporen machen.

Kleiner Tipp:
Bitte nicht immer "Asco" schreiben. Das ist die Abkürzung für Ascomycet, also Schlaucpilz. Was Du meinst sind die Schläuche, die heißen Asci bzw. in der Einzahl Ascus.