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Pilze Pilze Forum Archiv 2012-13

DNA-Sequenzen

Geschrieben von: Violet
Datum: 1. August 2012, 12:17 Uhr

Antwort auf: Re: Inocyben (Andreas)

: Was mich aber immer ein wenig skeptisch macht (aus eigener Erfahrung mit
: "meiner" Forschungsgattung) ist das Verwenden von fremden
: Sequenzen. Du sagst, in GenBank sind Sequenzen beider Arten hinterlegt.
: Wer hat denn die gesammelt und bestimmt und hast Du die auf Plausibilität
: überprüft?

Ja, das ist ein wirkliches Problem, Andreas, um das sich Bernd als Fachmann sehr intensiv kümmert. Und zwar ein Problem in mehrfacher Hinsicht, weil die Sequenz fehlerhaft, zu kurz oder sonstwas sein kann und zum anderen ist die Frage, ob die dort genannte Inocybe auch wirklich diese Inocybe ist, also, wer sie bestimmt hat - und drittens kommt es oft vor, dass es die jeweilige Inocybe noch gar nicht in der Gen-Bank gibt. Und natürlich braucht man dazu möglichst viele eigene Sequenzen von möglichst vielen sicher bestimmten Arten. Da sind wir ja sehr intensiv dran. Dann soll ein Baum aus diesen eigenen sicheren (und abgesicherten) Arten gebaut und die anderen Arten nach und nach eingefügt werden. So jedenfalls ist der Plan.

Bernd prüft im Augenblick in sehr sehr aufwendiger Arbeit jede einzelne Inocyben-Sequenz im Netz (ITS und LSU) und auch, von wem die jeweils stammt etc etc etc. Also bei den Inocyben sind z.B. gute Kenner beim Museum in Venedig (Robich, Bizio und Co) oder aber Ellen Larsson und Co.. Und er macht für uns eine Liste mit "guten" Sequenzen - mit denen man also unsere Inocyben vergleichen kann.
Ein Beispiel, wo man sehr sicher sein kann, dass es "stimmt", ist z.B. melanopus. Da gibt es drei geprüfte "gute" Sequenzen aus unterschiedlichen Gegenden, und zwar von Leuten, die davon eine Ahnung haben. Wenn diese drei Sequenzen übereinstimmen - und in diesem Fall tun sie das wunderbar, kann man davon ausgehen, dass es sich wirklich um melanopus handelt.
Aber das ist insgesamt ein Problem, das du mit Bernd mal besprechen solltest, weil er davon echt Ahnung hat, im Gegensatz zu mir.

Aber, was das Vertrauen in Bestimmungen angeht, so haben wir das Problem doch eigentlich andauernd. Wir müssen doch andauernd jemandem vertrauen, wenn wir Pilzbücher benutzen. Vertrauen, dass der Schreiber wusste, was er da tat. Denn solange wir nicht von jedem Pilz den Holotyp als DNA-Analyse vorliegen haben und von unserem eigenen Fund ebenfalls, müssen wir das - auch wenn wir nach Möglichkeit natürlich prüfen sollten, ob der jeweilige Autor auch wirklich ein Kenner der Gattung war/ist, um die es jeweils geht.
Wenn ich also, um auf die umbratica-paludinella zurückzukommen, jetzt Erminio vertraue, dann, weil er sich 1. seit zig Jahren und zwar fast ausschließlich mit Inocyben beschäftigt, weil er 2. die umfassende Literatur dazu hat und vor allem auch benutzt, 3. sehr gründlich arbeitet, wie ich weiß; und 4. dazu jede Menge gute und wie man in Acta Fungorum sieht, oft sehr kritische Inocyben-Leute als Freunde/Bekannte hat, mit denen er sich austauscht. Wenn Bon (ein sehr guter Inocybologe, wie ich immer wieder feststelle!) und er also umbratica und paludinella als getrennte Arten aufführen, dann glaub ich das erst einmal (wobei da noch das Problem trechispora auftritt, an dem ich grade sitze).

Abschließend noch hier ein Zusatz von Bernd (telefonisch): "Die umbratica/paludinella-Sequenzen im Internet müssen noch geprüft werden, ich habe aber festgestellt, dass viele Einträge in den beiden Internet-Datenbanken nicht korrekt sind, also besteht unsere Arbeit aus der Kombination von Frischpilzbeschreibungen, Standortfotos und selbst in Auftrag gegebenen Sequenzen, und ich bin sogar der Meinung, dass diese Sequenzen nur als Zusatzinformation anzusehen sind - die richtig angewendet, natürlich aber sehr wertvoll sein können."

Uff, eine lange mittagspäusliche Antwort, die allerdings immer noch eine absolut viel zu kurze Antwort für das Thema ist.
Liebe Grüße
Ditte

Beiträge in diesem Thread

Fundliste Forumstreffen -- Rainer Wald -- 27. Juli 2012, 18:59 Uhr
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Wenn schon, dann Amanita cruciata! *oT* -- Schnuffel -- 27. Juli 2012, 21:54 Uhr
Re: Amanita junquelius (Wer hat die gequält?) -- Pfalz-Pilz -- 27. Juli 2012, 23:38 Uhr
Re: Amanita junquelius (Wer hat die gequält?) -- Rainer Wald -- 28. Juli 2012, 08:07 Uhr
Re: Fundliste Forumstreffen -- Rainer_aus_AC -- 28. Juli 2012, 02:09 Uhr
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Re: Inocyben -- Violet -- 31. Juli 2012, 08:15 Uhr
Re: Inocyben -- Andreas -- 1. August 2012, 00:32 Uhr
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Re: Inocyben -- Helmut -- 1. August 2012, 20:40 Uhr
Re: Inocyben -- Violet -- 1. August 2012, 20:58 Uhr
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Re: Scutellinia? *PIC* -- Alis -- 1. August 2012, 21:01 Uhr

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