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Pilze Pilze Forum Archiv 2012-13

ein paar Anmerkungen zu Sequenzierungen

Geschrieben von: UweL
Datum: 2. August 2013, 11:04 Uhr

Antwort auf: Re: Agaricus subperonatus (Matthias)

Hallo Matthias und Jens,
18 Euro für eine Sequenzierung ist zweifellos nicht viel und entspricht auch meinen aktuellen Erfahrungen.
Damit ist es jedoch keineswegs getan:
1. Um wirklich zu vernünftigen Ergebnissen zu kommen, muss man meist mehrere Genregionen einer einzigen Probe sequenzieren lassen; jede dieser Genregionen kostet dann 18 Euro, so dass pro Probe oft ein Vielfaches von 18 Euro an Kosten anfällt.
2. Nicht jede Sequenzierung ist erfolgreich; nach meiner Erfahrung sind 30-50 % Fehlschläge; entweder ist die Probe kontaminiert (wodurch auch immer), die Primer funktioniert nicht richtig usw. Auch für diese Fehlschläge muss man zahlen.
3. Eine einzige Probe sequenzieren zu lassen, macht kaum Sinn. Um das Ergebnis abzusichern, sind meist mehrere Proben pro Taxon sinnvoll. D.h. auch das multipliziert noch einmal die Kosten.
4. Und selbst wenn man vernünftige Sequenzen erhält, braucht man jemanden, der die entsprechenden Analyseprogramme bedienen kann (das kann man sich noch recht leicht aneignen: die Programme sind kostenlos im Internet verfügbar, z.B. MEGA). Man braucht jedoch zweitens jemanden, der die gewonnenen Sequenzen editieren kann, und drittens jemanden, der die Ergebnisse der phylogenetischen Analyse der DNA-Daten interpretiert. Die beiden letzten Punkte sind aus meiner Sicht kaum im Selbststudium erlernbar. Dafür braucht man auf jeden Fall jemand mit ausgewiesener Expertise und Erfahrung, am besten von der Uni. Das "mal eben kurz" selbst zu machen, ist aus meiner Sicht nicht möglich.
Ich will niemanden davon abschrecken, eigene Funde sequenzieren zu lassen, nur auf die Schwierigkeiten hinweisen, die das u.U. mit sich bringen kann.
Ganz abgesehen davon: Was macht man mit eigenen Sequenzen, die nicht der in der GenBank hinterlegten desselben Taxons entsprechen? Oder solchen, die plötzlich mit einer Gattung zusammenfallen, der man den eigenen Fund niemals zugeordnet hätte. Irgend jemand hat offensichtlich etwas falsch bestimmt bzw. zugeordnet; man selbst oder der/die andere/n Wissenschaftler. Was mit einer Probe anfängt, über die man sich Klarheit verschaffen möchte, kann schnell einen ganzen Rattenschwanz an Folgeproblemen (und Kosten) nach sich ziehen.
Soviel, ganz kurz, viele Grüße
Uwe

: Hallo Jens,
: die Kosten scheinen mir in einem erschwinglichen Rahmen mit 18€ zu liegen
: oder einfach einen Artikel für die ZfM schreiben. Hier ein Link im das
: DGfM-Forum:
: http://forum.dgfm-ev.de/board1-offener-bereich/board2-expertenforum-mykologie-mycological-board/342-lentinellus-ursinus-castoreus-verwirrung/?highlight=sequenzieren
: Ich denke der Peter Karasch oder jeder andere aus dem Präsidium wird da
: sicher weiterhelfen,
: viele Grüsse
: Matthias

Beiträge in diesem Thread

Agaricus subperonatus -- Krötenhocker -- 31. Juli 2013, 21:00 Uhr
Re: Agaricus subperonatus -- zuehli -- 1. August 2013, 11:02 Uhr
Re: Agaricus subperonatus -- Krötenhocker -- 1. August 2013, 21:16 Uhr
Re: Agaricus subperonatus -- Matthias -- 1. August 2013, 22:09 Uhr
Re: Agaricus subperonatus -- Krötenhocker -- 1. August 2013, 22:30 Uhr
ein paar Anmerkungen zu Sequenzierungen -- UweL -- 2. August 2013, 11:04 Uhr
Re: ein paar Anmerkungen zu Sequenzierungen -- Krötenhocker -- 2. August 2013, 23:09 Uhr
Re: Agaricus subperonatus -- Karl -- 2. August 2013, 23:07 Uhr
Re: Agaricus subperonatus -- Krötenhocker -- 2. August 2013, 23:42 Uhr
Re: Agaricus subperonatus *PIC* -- Karl -- 3. August 2013, 11:15 Uhr

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