Für alle, die das hier mal später finden:
Der Fehler war unter Win7 an einem Netbook mit sehr kleiner Auflösung.
Unter Win10, der neuesten Version von AmScope und höherer Bildschirmauflösung funktioniert die Software jetzt korrekt.
Der beschriebene Fehler hat mich allerdings gewarnt und ich werde künftig grundsätzlich den Gegentest machen, wenn ich neu kalibriere oder ein Softwareupdate einspiele.