Hallo Andreas,
Sequenzieren an sich ist kein großes technisches Problem mehr, solange die Probe in gutem Zustand ist.
Die Frage nach der Software hingegen ist kniffelig. Egal, welche Software Du nutzen würdest, gäbe es das problem des Alignments. Hier helfen zwar manche Programme, aber man sollte immer manuell das Alignment prüfen. Es geht darum, die zu vergleichenden Basenpaarsequenzen passend zuzuordnen. Angenommen Spezies A fehlen zwei Basenpaare, dann hätte man eine Leserasterverschiebung. Die Sequenzen können bis auf die zwei fehlenden Buchstaben identisch sein, würden aber ab der Ausschneidestelle kaum Gemeinsamkeiten zeigen.
Gut so etwas bemerkt man leicht. Manchmal sind aber Abschnitte nur verdreht. Oder es gab eine Insertion (Verdopplung einer Sequenz, oder ein Mikrosatellit etc.pp.). Oder eine Mischung aus allem Möglichem. Sehr leicht erkennt man dann Ähnlichkeiten nicht mehr und die Arten erscheinen zu weit verwandtschaftlich entfernt.
Und dann noch die Auswertemethode... Maximum Likelyhood war früher beliebt, liefert aber offensichtlich keine wirklich guten, realitätsnahen Stammbäume (die Natur geht selten oder nur den kürzesten Weg von A nach B). Im Moment ist die Bayesian Algebra "in", die aber extrem komplex ist.
Kurzum: Sequenzieren nach Mochrezept: bei richtiger Hardware kein Problem. Drum wird es leicht sein, jemanden zu finden...
Auswertung der Basenpaarsequenzen: nicht einfach und m.E. nicht einfach so mal nebenher machbar. Da müssen Profis ran, damit was Gutes dabei rauskommt. Und auch unter den "Profis" gibt es die, die nach Standardverfahren vorgehen (was oft suboptimal ist) und diejenigen, die neue Erkenntnisse in der Mathematik mit einbeziehen.
Und unabhängig von all dem Ganzen: Welches Gen soll man überhaupt sequenzieren? Wieviele unterschiedliche Bereiche der DNA müssen sequenziert werden, damit Ergebnisse stabil bleiben und der Stammbaum nicht ständig kippt? LSU und SSU? Oder doch noch die "gute alte" ITS-Region? Oder... oder... oder... (ist oft von der betrachteten gattung abhängig). Und mit welchen Arten vergleicht man sie? Was zieht man als Außengruppe heran? Welche Daten liegen vor, um die genetische Uhr zu kalibrieren (für die Bayesian Analysis)?
LG
Christoph
Hallo zusammen,
zwei kleine Anfragen.
Wenn ich plötzlich auf die Idee käme, einen Pilz sequenzieren zu lassen, was
wäre denn dann die "first adress"? Im Netz sind zwar jede Menge
Anbieter zu finden, aber eventuell hat jemand persönliche Erfahrungen?
Zwotens suche ich nach einem Programm für die Auswertung von Sequenzen
(Vergleich untereinander, tree erstellen). Auch da ist im Netz eine Fülle
vorhanden (ich bin nicht fertig mit durchforsten). Aber entweder nicht
freeware, braucht eine offenherzige Registrierung, oder ich kriege das
Dingens nicht zum Laufen. Vielleicht hat jemand einen Tipp?
Beste Grüße!
Andreas
