Re: Sequenzierungs-Fragen

Hallo Christoph,
vielen Dank für deine Meldung zur Sache!

Sequenzieren an sich ist kein großes technisches Problem mehr, solange die
Probe in gutem Zustand ist.

Die grundsätzliche Technologie habe ich ansatzweise verstanden. Sagen wir mal so: In diese und die folgende Auswertung bin ich soweit eingedrungen, dass vom kleinen Zeh meines linken Fußes nur noch zwei Drittel herausragen.

Die Frage nach der Software hingegen ist kniffelig. Egal, welche Software Du
nutzen würdest, gäbe es das problem des Alignments. Hier helfen zwar
manche Programme, aber man sollte immer manuell das Alignment prüfen. Es
geht darum, die zu vergleichenden Basenpaarsequenzen passend zuzuordnen.
Angenommen Spezies A fehlen zwei Basenpaare, dann hätte man eine
Leserasterverschiebung. Die Sequenzen können bis auf die zwei fehlenden
Buchstaben identisch sein, würden aber ab der Ausschneidestelle kaum
Gemeinsamkeiten zeigen.

Deshalb meine Formulierung "first adress". Wer also weiß, worauf es bei Pilzen ankommt...

Gut so etwas bemerkt man leicht. Manchmal sind aber Abschnitte nur verdreht.
Oder es gab eine Insertion (Verdopplung einer Sequenz, oder ein
Mikrosatellit etc.pp.). Oder eine Mischung aus allem Möglichem.

...bzw. editiert entsprechend?

Und dann noch die Auswertemethode... Maximum Likelyhood war früher beliebt,
liefert aber offensichtlich keine wirklich guten, realitätsnahen
Stammbäume (die Natur geht selten oder nur den kürzesten Weg von A nach
B). Im Moment ist die Bayesian Algebra "in", die aber extrem
komplex ist.

Auch so ne Krux. Alle Nase lang ändert sich der Weg zum Ziel.

Da müssen Profis ran, damit was Gutes dabei rauskommt.

Meine ich ja.

Und unabhängig von all dem Ganzen: Welches Gen soll man überhaupt
sequenzieren? Wieviele unterschiedliche Bereiche der DNA müssen
sequenziert werden, damit Ergebnisse stabil bleiben und der Stammbaum
nicht ständig kippt? LSU und SSU? Oder doch noch die "gute alte"
ITS-Region? Oder... oder... oder... (ist oft von der betrachteten gattung
abhängig). Und mit welchen Arten vergleicht man sie? Was zieht man als
Außengruppe heran? Welche Daten liegen vor, um die genetische Uhr zu
kalibrieren (für die Bayesian Analysis)?

Jetzt wäre der Moment zum Passen gekommen...
Mache ich aber nicht.

Beste Grüße!
Andreas