Sporenvermaßung

Hans-Jürgen, (vor 7307 Tagen)

Weil ich auf einige Mikroaufnahmen hin verschiedentlich darauf angesprochen worden bin, will ich kurz erläutern, wie die Sporenmaße in meine Fotos kommen.

Ich benutze dazu ein kleines Programm, das Jens Rüdig geschrieben und als Freeware im Internet hier zur Verfügung gestellt hat. Aufmerksam geworden bin ich darauf durch einen Beitrag von Wolfgang hier im Forum.

Das Programm ist ungemein praktisch: Man lädt ein Sporenbild (z.B. JPG), setzt den Maßstab am Bildschirm (will heißen: man zieht einen Maus-Gummifaden über eine Strecke bekannter Länge) und misst dann lediglich noch Länge und Breite der Sporen abwechselnd am Bildschirm aus. Die Messergebnisse werden sowohl am Bildschirm als auch im Hintergrund in eine Protokolldatei eingetragen. Das Programm errechnet schließlich auch automatisch den Minimal-, Maximal- und Durchschnittswert und dabei auch gleich den Quotienten Q, ja sogar die Fläche (die freilich nur dann sinnvoll ist, wenn die Spore rechteckig ist, was in der Pilzpraxis relativ selten vorkommt ...). Die vermaßte Bilddatei kann man (leider nur) als BMP-Datei speichern, aber natürlich von dort aus ganz einfach nach JPG or whatever konvertieren. Das Datenprotokoll kann man als txt-Datei speichern. Außerdem kann man zusammengesetzte Strecken, eckig und rund begrenzte Flächen ausmessen und sogar eine Beschriftung direkt in das Bild eingeben.

Das alles geht fix und ist sehr hilfreich, wenn man zwei Dinge berücksichtigt:

1. Das Programm ist ein bisschen mit heißer Nadel gestrickt. Es scheint JPGs, die größer als der eigene Bildschirm sind, die also für die vollformatige Anzeige negativ skaliert werden müssten, nicht zu vertragen. Man kann den Rechner jedenfalls in tiefen Schlaf versenken, wenn man bei der Skalierung schlampert (bin hinter den eigentlichen Fehlergrund nicht gekommen). Aber wenn man um die Empfindlichkeiten weiß, kann man sich gut darauf einstellen und hat dann keine Probleme.

2. Das Foto selbst muss bereits vermaßt sein, also z.B. ein Abbild eines Objekt- oder Okularmikrometers oder ein anderes in seiner Längenausdehnung eindeutiges Objekt enthalten, sonst kann man keine Bezugslänge eingeben. Ausnahme: Man fotografiert auf dem Mikroskop mit einer festen Brennweite (z.B. mit einem Projektiv). Dann hat nämlich JEDE Aufnahme mit demselben Objektiv auch denselben Abbildungsmaßstab. Es reicht also, einmalig das Objektmikrometer zu fotografieren, sich entsprechende Maßstäbe als Grafikdateien zu hinterlegen und sie in die Fotos einzukopieren. Ich gehe diesen Weg. Als Alternative kann man Referenzmaßstäbe auch abspeichern, was bei mir nicht gut geklappt hat, aber ich hab's auch nicht sehr gründlich versucht, weil ich den Maßstabsbalken im Foto ganz generell für eine gute Orientierungshilfe halte.

Insgesamt: Für meine Zwecke bestens geeignet.

Angeblich soll eine Sporenvermaßung auch mit Excel möglich sein. Das möchte ich aber erst mal sehen.

Gruß an die Gemeinde
Hans-Jürgen

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Re: Sporenvermaßung *PIC*

arysch, (vor 7306 Tagen) @ Hans-Jürgen

Hallo Hans-Jürgen,
ich finde das Programm auch prima! Als Ergänzung zu deinen Ausführungen:

- das Abspeichern verschiedener Massstäbe klappt bei mir ohne Probleme. Ich habe für die Auflösung meiner Kamera und das jeweils verwendete Mikroskop-Objektiv unterschiedliche Zoomstufen mit passenden Namen als Referenzen abgespeichert. Natürlich das erste Mal musste ich je eine Referenzstrecke mikroskopisch bestimmen. Hier ein Auszug aus meinem Menü:

[image]

- das Messen in den Fotos wird dann zum Kinderspiel, wenn man nur die Zoomstufen wählt, die dann im Programm als Referenz vorliegen (ich komme mit 3-4 Zoomstufen aus). Ich speichere letzte Zeit beim Mikroskopieren in den Exif-Informationen auch die Zoomstufe und das verwendete Objektiv des Mikroskops, somit kann ich auch in der Zukunft die Messung Reproduzieren/Wiederholen/mit anderen Programmen durchführen.

Das absolut schöne für mich ist bei der Messung in den digitalen Bildern allerdings, dass ich meistens mit einem 400-ter Mikroskop-Objektiv auskommme, da die Vergrößerung der Digitalbilder völlig ausreichend ist (für die Sporenmessung)

- ein Abspeichern der Messbilder ist sowohl als JPG als auch als Bitmap in der Version des Programms die ich nutze (0.9.2) möglich.

Schöne Grüße, Artur

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Re: Sporenvermaßung

Werner, (vor 7306 Tagen) @ arysch

Hallo Artur,

Das absolut schöne für mich ist bei der Messung in den digitalen Bildern
allerdings, dass ich meistens mit einem 400-ter Mikroskop-Objektiv
auskommme, da die Vergrößerung der Digitalbilder völlig ausreichend ist
(für die Sporenmessung)

Also, das würde ich nicht tun - 400er Vergrößerung (nicht Objektiv, denn das hat ja nur 40x) für Sporenmessungen von ein paar µ. Da kriegst Du doch Meßfehler rein, die sich durch die optische Auflösung des Objektivs ergeben - denn Du erhältst ja eine leere Vergrößerung und kannst die Sporenwände nicht mehr so gut sehen - selbst wenn man das mit Digizoom etc. wieder "aufbläst". Für normal große Sporen sollte man schon immer 1000er Ölimmersion hernehmen, wenn man brauchbare Meßergebnisse bekommen will.

Gruß,

Werner

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Re: Sporenvermaßung

arysch, (vor 7306 Tagen) @ Werner

Hallo Artur,
Also, das würde ich nicht tun - 400er Vergrößerung (nicht Objektiv, denn das
hat ja nur 40x) für Sporenmessungen von ein paar µ. Da kriegst Du doch
Meßfehler rein, die sich durch die optische Auflösung des Objektivs
ergeben - denn Du erhältst ja eine leere Vergrößerung und kannst die
Sporenwände nicht mehr so gut sehen - selbst wenn man das mit Digizoom
etc. wieder "aufbläst". Für normal große Sporen sollte man schon
immer 1000er Ölimmersion hernehmen, wenn man brauchbare Meßergebnisse
bekommen will.

Hallo Werner,
prinzipiell hast Du natürlich Recht, kein Wiederspruch. Allerdings ist die Aussage nur bei der optischen Messung richtig. Ich habe die digitalen Fotos der beiden Obkiektive (100x Öl und 40x) mehrmals verglichen und... keine Unterschiede bei den gemessenen Längen festgestellt.
Gruß, Artur.

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Re: Sporenvermaßung

Hans-Jürgen, (vor 7306 Tagen) @ arysch

Hallo Artur,

danke für die Tipps mit den Maßstäben. Da ich keinerlei Zoom-Einstellungen benutze, sondern immer mit einer "Festbrennweite" arbeite, käme ich ja mit nur vier Datensätzen aus. Ich werde das auf Deinen Rat hin jetzt noch mal probieren und mir im übrigen auch deswegen:

- ein Abspeichern der Messbilder ist sowohl als JPG als auch als Bitmap in
der Version des Programms die ich nutze (0.9.2) möglich.

... sicherlich die neueste Version herunterladen. Ich arbeite nämlich noch mit Version 0.7.1.

Was den Verzicht auf die 1000er-Vergrößerung anbelangt, neige ich ein bisschen zu Werners Einschätzung. Aber das ist gewiss auch eine Frage des Verfahrens. Ich skaliere meine Fotos vor dem Vermaßen sowieso herunter (auf eine Breite von sagen wir 1024 Pixels). Dabei geht natürlich viel von der (wie Du mit Recht anmerkst: leeren) Vergrößerung verloren. Da ich aber auch 400-fach-Aufnahmen entsprechend skaliere, sind die natürlich auch entsprechend ungenauer. Weil man vernünftigerweise die zweite Nachkommastelle ohnehin weglässt, ist's aber wahrscheinlich gehupft wie gedupft.

Herzliche Grüße
Hans-Jürgen

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Re: Sporenvermaßung

Wolfgang P., (vor 7305 Tagen) @ arysch

Hallo Werner,
prinzipiell hast Du natürlich Recht, kein Wiederspruch. Allerdings ist die
Aussage nur bei der optischen Messung richtig. Ich habe die digitalen
Fotos der beiden Obkiektive (100x Öl und 40x) mehrmals verglichen und...
keine Unterschiede bei den gemessenen Längen festgestellt.
Gruß, Artur.

Bei Sporenlängen magst Du noch Recht haben. Ma sollte aber auch immer darauf achten, ob die Sporen ornamentiert sind, und da geht einem bei 40x sicher 'was verloren.

Wenn Du ein 100x hast, warum nutzt Du es nicht? Kost' ja fast nix, nur ein Tröpfchen Öl...

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Re: Sporenvermaßung *PIC*

arysch, (vor 7304 Tagen) @ Wolfgang P.

Wenn Du ein 100x hast, warum nutzt Du es nicht? Kost' ja fast nix, nur ein
Tröpfchen Öl...
Wenn Du ein 100x hast, warum nutzt Du es nicht? Kost' ja fast nix, nur ein
Tröpfchen Öl...

Hallo Wolfgang, Hans-Jürgen, Werner,
Ihr habt ja Recht! Ich nutze natürlich auch das Tröpfchen Öl, habe noch etwas von. Das Problem, was ich aber habe ist auf den folgenden Bildern zu sehen. Bekanntlich ist die Auflösung eines guten 40x Mikroskop-Objektives etwas besser
als die Auflösung eines durchschnittlichen 100xÖl Objektives. Trotz des höheren
Preises des 100x Objektives! Sprich: man kann nicht einfach zwischen dem 40x und dem 100x Objektiv nur eine 2,5 fache Multiplikation der Vergrösserung vornehmen.
Vielmehr ist die entgültige Qualität des mikroskopischen Bildes von mehreren
Faktoren abhängig. Es ist auch ziemlich bekannt, dass ab der Vergrösserung 100x
andere physikalisch-optischen Probleme auftreten, die die Qualität beeinflussen (welche auch immer). Ich habe vor einigen Wochen die Sporen des Boletus Lurides
mikroskopisch fotografiert. Hier die Ergebnisse, die einiges erklären sollten:

Zuerst die 100x Öl immersion. Das Originalfoto auf 800x600 Pixel verkleinert:

[image]

Nun das 40x Objektiv am Mikroskop. Das Originalfoto auf 800x600 Pixel verkleinert:

[image]

So sieht der Unterschied bei der optischen Betrachtung. Gewaltig, nicht wahr?
Ohne die Digitalkamera am Objektiv würde ich natürlich
bei der Sporenmessung nur mit dem 100x Ölimmersionsobiektiv arbeiten.

Nun aber habe ich aus den beiden Fotos oben je einen etwa ähnlichen Ausschnitt gemacht. Hier sieht
man gleich das Problem. Der obere Ausschnitt kommt
aus dem oberen Foto (also 100x Ölimmersion), das untere Foto aus dem unteren
Foto (also 40x). Die Qualität ist zwar bei dem oberen

Foto etwas besser, der Unterschied haut mich aber nicht vom Stuhl...

[image]

[image]

Unten noch ein Foto mit Phasenkontrast mit dem 40x Objektiv. Mit dem 100x Öl
habe ich solch ein Foto nicht geschafft:

[image]

Und noch unten ein Ausschnitt aus einem Foto der Sporen von Nyctalis asterophora - Stäubendem Zwitterling. Es war mit einem 40x Objektiv am Miktoskop gemacht worden und ich behaupte mal, die Ornamentierung der Sporen ist hier ziemlich gut zu sehen.

[image]

Noch ein Wort zu meiner mikroskopischen Ausrüstung:

Mikroskop Zeiss Axiostar Plus, mit einem Trinotubus verbunede Digitalkamera
Canon PowerShot A6200 (empfohlen von Zeiss)

Mikroskop-Objektive: 100x/1,25 Oil Ph3 CP-Achromat, 40x/0,65 Ph2 CP-Achromat.

Schöne Grüße
Artur

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Re: Sporenvermaßung

Hans-Jürgen, (vor 7304 Tagen) @ arysch

Hallo Artur,

das ist doch eine sehr beeindruckende Dokumentation. Eigentlich ja auch kein Wunder bei der Ausrüstung, die Du hast. Ich habe mir das kleinere PrimoStar von Zeiß anbieten lassen, aber wegen krasser Unverträglichkeit mit meinen Budgetplanungen schnell wieder von der Wunschliste streichen müssen ...

Ich mache manche Aufnahmen durchaus auch lieber mit dem 40er als mit dem 100er Objektiv, ganz einfach deshalb, weil die Schärfentiefe (falls man von "Tiefe" bei diesen Abbildungsmaßstäben überhaupt reden kann) dort größer ist.

Was ich Dich fragen wollte: Machst Du die PhaKo-Aufnahmen mit den regulären Objektiven? Normalerweise werden dafür ja außer einem speziellen Phasenkontrast-Kondensor auch spezielle PhaKo-Objektive (und diese üblicherweise bis maximal 40x) angeboten.

Gruß
Hans-Jürgen

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Re: Sporenvermaßung

arysch, (vor 7303 Tagen) @ Hans-Jürgen

Was ich Dich fragen wollte: Machst Du die PhaKo-Aufnahmen mit den regulären
Objektiven? Normalerweise werden dafür ja außer einem speziellen
Phasenkontrast-Kondensor auch spezielle PhaKo-Objektive (und diese
üblicherweise bis maximal 40x) angeboten.

Hallo Hans-Jürgen,
danke für die netten Worte. Ich habe die beiden Objektive (40x und 100x) gleich als Phasenkontrastobjektive gekauft. Diese Objektive sind so scheint mir nicht wesentlich teurer als die normalen Objektive (prozentuell gesehen...). Ich habe die "günstigsten" Objektive von Zeiss (das 100x Ph3 Öl kostete "nur" 364 Euro), man kann natürlich für ein gutes Objektiv locker mehrere Tausend Euro ausgeben...) Diese Objektive lassen sich ganz normal im Hellfeld nutzen. Am Mikroskop habe ich den Abbe-Kondensor mit 5-fach Revolver, somit kann ich die entsprechende Phasenblendenposition (darunter auch Ph1, Ph2, Ph3) ganz schnell und einfach mit einem Schieberegler einstellen.

Schöne Grüße, Artur.