Hallo Markus,

Deine Frage betrifft vermutlich in erster Linie Risspilzsporen. Dort ist es allgemein üblich, die Höcker mitzumessen. Man sollte aber in solchen Fällen bei Monografien oder Artikeln stets das Vorwort lesen, wo irgendwo unter "Methodik" oder ähnlicher Überschrift eigentlich erläutert sein müsste, wie gemessen wurde.
Bei Rötlingen werden auch die Kanten mitgemessen. Sonst fallen mir grad keine eckigen Sporen ein.

Als Faustregel kann man sagen, dass wenn es eine Ornamentation ist, man diese nicht mitmisst. Wenn es dagegen die Sporenform betrifft, dann wird mitgemessen.