Hallo Christoph,
vielen Dank für deine Meldung zur Sache!

: Sequenzieren an sich ist kein großes technisches Problem mehr, solange die
: Probe in gutem Zustand ist.

Die grundsätzliche Technologie habe ich ansatzweise verstanden. Sagen wir mal so: In diese und die folgende Auswertung bin ich soweit eingedrungen, dass vom kleinen Zeh meines linken Fußes nur noch zwei Drittel herausragen.

: Die Frage nach der Software hingegen ist kniffelig. Egal, welche Software Du
: nutzen würdest, gäbe es das problem des Alignments. Hier helfen zwar
: manche Programme, aber man sollte immer manuell das Alignment prüfen. Es
: geht darum, die zu vergleichenden Basenpaarsequenzen passend zuzuordnen.
: Angenommen Spezies A fehlen zwei Basenpaare, dann hätte man eine
: Leserasterverschiebung. Die Sequenzen können bis auf die zwei fehlenden
: Buchstaben identisch sein, würden aber ab der Ausschneidestelle kaum
: Gemeinsamkeiten zeigen.

Deshalb meine Formulierung "first adress". Wer also weiß, worauf es bei Pilzen ankommt...

: Gut so etwas bemerkt man leicht. Manchmal sind aber Abschnitte nur verdreht.
: Oder es gab eine Insertion (Verdopplung einer Sequenz, oder ein
: Mikrosatellit etc.pp.). Oder eine Mischung aus allem Möglichem.

...bzw. editiert entsprechend?

: Und dann noch die Auswertemethode... Maximum Likelyhood war früher beliebt,
: liefert aber offensichtlich keine wirklich guten, realitätsnahen
: Stammbäume (die Natur geht selten oder nur den kürzesten Weg von A nach
: B). Im Moment ist die Bayesian Algebra "in", die aber extrem
: komplex ist.

Auch so ne Krux. Alle Nase lang ändert sich der Weg zum Ziel.

: Da müssen Profis ran, damit was Gutes dabei rauskommt.

Meine ich ja.

: Und unabhängig von all dem Ganzen: Welches Gen soll man überhaupt
: sequenzieren? Wieviele unterschiedliche Bereiche der DNA müssen
: sequenziert werden, damit Ergebnisse stabil bleiben und der Stammbaum
: nicht ständig kippt? LSU und SSU? Oder doch noch die "gute alte"
: ITS-Region? Oder... oder... oder... (ist oft von der betrachteten gattung
: abhängig). Und mit welchen Arten vergleicht man sie? Was zieht man als
: Außengruppe heran? Welche Daten liegen vor, um die genetische Uhr zu
: kalibrieren (für die Bayesian Analysis)?

Jetzt wäre der Moment zum Passen gekommen...
Mache ich aber nicht.

Beste Grüße!
Andreas