Hallo Klaas!

: Deiner Antwort entlocke ich, dass hauptsächlich(?) Möhrchenfarben in den
: Paraphysen enthalten sind - ja?

Bei gelb bis roten Farbstoffen, die nicht gelöst im Zellsaft vorkommen, sondern in Fett(?)tröpfchen konzentriert sind, handelt es sich vermutlich immer um Carotinoide. Diese Färbung findet sich bei Sarcoscypha innerhalb und außerhalb der Paraphysen. Ob sie bei allen Ascomyeten auf den Paraphysenbereich beschränkt ist oder auch in Asci oder anderen Zellen vorkommt, entzieht sich meiner Kenntnis.

: Dann läge die immer eindeutige Grünfärbung meiner Apos wohl an meiner
: zumeist schludrigen Arbeitsweise, bei der ich nicht nachträglich unterziehe,
: sondern zuvor in etwas IKI bade und anschließend Wasser zugebe.

Bei dieser Vorgehensweise wäre es durchaus möglich, dass Dir eine Braunfärbung entgeht, weil zwischenzeitlich das Jod sich in die Luft verflüchtigt oder ausgewaschen wird.
Entweder gebe ich zum Untersuchungsmaterial auf dem Objektträger direkt einen Tropfen Lugol oder Melzers oder, wenn die Probe in Wasser untersucht wurde, gebe ich anschließend das Jodreagenz seitlich neben dem Deckglas zu.

Auch bei der Prüfung auf Amyloidität kann man das lästige Auswaschen und Wegschwimmen der Sporen vermeiden, indem man die Probe zunächst mit einer minimalen Menge Reagenz versetzt und dann zu Verdünnung höchstens soviel Wasser zugibt, dass das Deckglas blasenfrei aufgelegt werden kann. Gelbfieber hat dazu mal Beiträge gebracht.
http://www.pilzepilze.de/cgi-bin/webbbs/parchive2007.pl?noframes;read=131810
http://www.pilzepilze.de/cgi-bin/webbbs/parchive2007.pl?noframes;read=131875

Gruß - Schnuffel