: Danke Bernd für Deine Erklärung, wie man mit diesen Datenbanken umgeht, und
: vor allem, daß man sie kritisch betrachten muß!
: Ich habe mal spaßeshalber Lachnellula "geBLASTet" und habe das
: Ergebnis leider noch nicht verstanden (interessant wäre der relevante
: "Abstand" von willkommii zu occidentalis).
Hallo Martin,
Ich kann in der Genbank von Lachnellula occidentalis nur eine LSU-Sequenz mit 322 Basen Länge finden. Das ist eine viel zu kurze Sequenz, solche LSU-Sequenzen sollten für einen BLAST 600 Basenpaare Länge haben oder noch viel länger sein (28S = LSU = Large Subunit). Und noch besser für einen Artenvergleich wäre eine ITS-Sequenz, aber da hat noch keiner eine ITS-Sequenz von Lachnellula occidentalis in die Genbank eingegeben.
Als Musterfall für eine ITS-Sequenz nimm vielleicht die Steinpilzsequenz von Machiel Noordeloos: EU417861. Die hat ein überstehendes Anfangsstück von 8 Basen von der 18S-DNA (= SSU = Small Subunit) und ein überzähliges Endstück der 28S-DNA (LSU) mit ebenfalls 8 Basenpaaren Länge. Macht für ITS1 + 5,8S + ITS2 (kurz "ITS" genannt) eine Gesamtlänge von 670 Basenpaaren.
Also wäre EU417861 eine gut geeignete Sequenz für einen BLAST.
Übrigens sind die ITS-Sequenzen je nach Pilz von Natur aus unterschiedlich lang, aber das macht nichts.
Weiter viel Spaß bei den Sequenzvergleichen!
Bernd