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Pilze Pilze Forum Archiv 2010

Re: Hilfe von Brandstellenprofis gesucht!

Geschrieben von: BO
Datum: 18. April 2010, 01:53 Uhr

Antwort auf: Re: Hilfe von Brandstellenprofis gesucht! (MartinB)

: Danke Bernd für Deine Erklärung, wie man mit diesen Datenbanken umgeht, und
: vor allem, daß man sie kritisch betrachten muß!

: Ich habe mal spaßeshalber Lachnellula "geBLASTet" und habe das
: Ergebnis leider noch nicht verstanden (interessant wäre der relevante
: "Abstand" von willkommii zu occidentalis).

Hallo Martin,
Ich kann in der Genbank von Lachnellula occidentalis nur eine LSU-Sequenz mit 322 Basen Länge finden. Das ist eine viel zu kurze Sequenz, solche LSU-Sequenzen sollten für einen BLAST 600 Basenpaare Länge haben oder noch viel länger sein (28S = LSU = Large Subunit). Und noch besser für einen Artenvergleich wäre eine ITS-Sequenz, aber da hat noch keiner eine ITS-Sequenz von Lachnellula occidentalis in die Genbank eingegeben.
Als Musterfall für eine ITS-Sequenz nimm vielleicht die Steinpilzsequenz von Machiel Noordeloos: EU417861. Die hat ein überstehendes Anfangsstück von 8 Basen von der 18S-DNA (= SSU = Small Subunit) und ein überzähliges Endstück der 28S-DNA (LSU) mit ebenfalls 8 Basenpaaren Länge. Macht für ITS1 + 5,8S + ITS2 (kurz "ITS" genannt) eine Gesamtlänge von 670 Basenpaaren.
Also wäre EU417861 eine gut geeignete Sequenz für einen BLAST.
Übrigens sind die ITS-Sequenzen je nach Pilz von Natur aus unterschiedlich lang, aber das macht nichts.

Weiter viel Spaß bei den Sequenzvergleichen!
Bernd

Beiträge in diesem Thread

Hilfe von Brandstellenprofis gesucht! -- MartinB -- 7. April 2010, 23:39 Uhr
Re: Hilfe von Brandstellenprofis gesucht! -- Schnuffel -- 8. April 2010, 00:22 Uhr
Re: Hilfe von Brandstellenprofis gesucht! -- Karl -- 8. April 2010, 01:25 Uhr
Re: Hilfe von Brandstellenprofis gesucht! -- Heinz Ebert -- 8. April 2010, 10:50 Uhr
Re: Hilfe von Brandstellenprofis gesucht! -- MartinB -- 8. April 2010, 22:36 Uhr
Sammeldank -- MartinB -- 8. April 2010, 12:37 Uhr
Re: Sammeldank -- MartinB -- 8. April 2010, 22:08 Uhr
Re: Hilfe von Brandstellenprofis gesucht! -- MartinB -- 14. April 2010, 22:08 Uhr
Re: Hilfe von Brandstellenprofis gesucht! -- BO -- 16. April 2010, 17:37 Uhr
Re: Hilfe von Brandstellenprofis gesucht! -- MartinB -- 16. April 2010, 21:19 Uhr
Re: Hilfe von Brandstellenprofis gesucht! -- BO -- 17. April 2010, 01:01 Uhr
Re: Hilfe von Brandstellenprofis gesucht! -- MartinB -- 17. April 2010, 23:53 Uhr
Re: Hilfe von Brandstellenprofis gesucht! -- BO -- 18. April 2010, 01:53 Uhr
Re: Hilfe von Brandstellenprofis gesucht! -- MartinB -- 19. April 2010, 20:46 Uhr

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