Hallo Ado und die anderen,

hier gibt es doch ein paar Punkte richtig zu stellen bzw. nachzufragen. Fangen wir mal vorne an:

"im Rostocker Zoo an Wacholder entdeckt" - da wäre erst mal wichtig, was für ein Wacholder. Soweit ich das nach dem Bild sehen kann, handelt es sich nicht um J. communis, sondern um eine "Gartenform" (horizontalis, virginiana oder was auch immer). Das wirkt sich bei der Bestimmung aus.

"Heinz: Ich hab mich vor einigen Jahren mal mit diesem Zeugs beschäftigt und feststellen müssen, dass es keine moderne Bearbeitung gibt. Die "jüngste" Bearbeitung ist der rund 100 Jahre alte Schlüssel von Lindau. Und wenn ich mich recht erinnere gibt es drei Arten mit makroskopisch gleichem Aussehen, die sich aber mikroskopisch unterscheiden lassen."

Der "Lindau" muss nun wirklich nicht mehr benutzt werden. Ich schaue am liebsten in den Klenke (1998): Sammel- und Bestimmungshilfen für phytoparasitische Kleinpilze in Sachsen. Ist mir das nicht ausführlich genug, dann gibts ja noch den guten alten Gäumann (1959): Rostpilze Mitteleuropas.

Gehen wir von einem Gartenwacholder aus, dann kämen nach Klenke G. sabinae (mit Zwischenwirt Birne) und auch G. confusum (Zwischenwirt zahlreiche holzige Rosaceae incl. Pyrus) in Frage. Hier ist eine mikroskopische Unterscheidung anhand der Teliosporen möglich.
Auch die Aecien an der Birne sind nicht eindeutig - sie können nach Klenke zu 3 Arten gehören: zu G. sabinae (wohl auch meist), zu G. clavariaeforme (WW Juniperus communis) und zu G. confusum (+- subtile Unterschiede bei Klenke geschlüsselt).

Also was die Frage betrifft, ob Dein Wacholderpilz und Dein Birnengitterrost identisch sind: gut möglich, vielleicht sogar sehr wahrscheinlich, aber nicht sicher.